A fundação oficial foi em 1992, mas o IPÊ - Instituto de Pesquisas Ecológicas começou sua história muito antes dessa data.
Em 1978, aos 30 anos, Claudio Padua deixou para trás a carreira de diretor administrativo no Rio de Janeiro para se dedicar exclusivamente à Biologia. A mudança radical de vida incluiu sua esposa, Suzana Pádua, e seus três filhos. A família mudou-se para o Pontal do Paranapanema (extremo oeste de São Paulo) para que Claudio pudesse realizar as pesquisas com o mico-leão-preto, um dos primatas mais raros e ameaçados de extinção no mundo.
Com o decorrer das pesquisas, foi constatado que, para a conservação efetiva da espécie, seria necessário o apoio dos moradores do entorno da floresta, habitada pelo mico-leão- preto. Começava aí o trabalho de educação ambiental do IPÊ, liderado por Suzana que, ao envolver as comunidades da região, iniciou o processo de conscientização sobre a importância da proteção da natureza. Aos poucos, as pessoas foram compreendendo que a conservação do mico ajudaria não só a conservar da Mata Atlântica, já bastante ameaçada, mas também suas próprias vidas.
Outros pesquisadores e estagiários, que naquela época já acreditavam ser impossível separar conservação de educação ambiental e envolvimento comunitário, uniram-se a Claudio e Suzana para criar o IPÊ, que inicialmente teve sua sede em Piracicaba (SP).
Hoje, o IPÊ é considerado uma das maiores ONGs ambientais do Brasil, possui título de OSCIP e tem sede em Nazaré Paulista (SP). O Instituto, que começou com o Projeto Mico-Leão-Preto, agora conta com mais de 80 profissionais trabalhando em mais de 30 projetos por ano, em locais como o Pontal do Paranapanema e Nazaré Paulista (SP), Baixo Rio Negro (AM), Pantanal e Cerrado (MS).
Uma das preocupações do IPÊ desde a sua criação é a transferência do conhecimento adquirido em suas pesquisas de campo. Para isso, em 1996, o Instituto criou o CBBC - Centro Brasileiro de Biologia da Conservação, para cursos de curta duração, que evoluiu, em 2006, para a ESCAS - Escola Superior de Conservação Ambiental e Sustentabilidade, oferecendo Mestrado Profissional e MBA.
