O Pantanal é uma das maiores áreas de wetlands contínuas do planeta, cobrindo cerca de 160.000 km² de planícies alagáveis de baixa altitude na parte alta do Rio Paraguai e tributários, no centro do continente Sulamericano. A vegetação sofre influência de quatro biomas: Floresta Amazônica, Cerrado (predominante), Chaco e Mata Atlântica. O verão (Novembro-Março) é quente e chuvoso, enquanto que o inverno (Abril-Outubro) apresenta temperaturas relativamente mais baixas e períodos de seca. O fator ecológico principal que determina os processos e padrões do Pantanal são os pulsos de cheias, que seguem um ciclo anual, monomodal, com amplitude de 2 a 5 metros e duração de 3 a 6 meses. O Pantanal está também sujeito a variações na intensidade das cheias, alternando entre anos de alagamento intenso e anos mais secos.

Os diferentes padrões de sedimentação do Rio Paraguai e seus tributários causados pela alternância entre períodos úmidos e secos levaram ao mosaico de formações geomorfológicas encontradas no Pantanal. Este complexo mosaico de habitats, tipos de solo e regimes de inundação são responsáveis pela grande variedade de formações vegetais e paisagens diversificadas, criando as condições necessárias para uma rica biota terrestre e aquática. Foram identificadas no Pantanal 16 classes de vegetação (fito-fisionomias), as mais importantes sendo gramíneas (31%), cerradão (22%), cerrado (14%), brejos e áreas alagadas (7%), floresta semi-descídua (4%), e floresta de galeria (2.4%).

A região se distingue por sua extraordinária concentração e abundância de vida silvestre. A nível nacional, o Pantanal é reconhecido como “Patrimônio Nacional” pela Constituição Brasileira de 1988, enquanto que a nível internacional este bioma já foi reconhecido por uma série de convenções tais como Ramsar, Convenção de Diversidade Biológica, Convenção de Mudanças Climáticas das Nações Unidas, Convenção de Espécies Migratórias e Convenção do Patrimônio da Humanidade. Atualmente, existe um total de 360.000 hectares sob alguma categoria de proteção, correspondendo a apenas 2.6% do Pantanal Brasileiro.

Historicamente, o Pantanal nunca recebeu muita atenção dos governos nacionais do Brasil, Bolívia e Paraguai, os três países nos quais este bioma está localizado. Entretanto, durante as últimas décadas, a expansão de fronteiras agrícolas e mudanças econômicas e políticas colocaram a região na frente das discussões e planejamentos desenvolvimentistas. Os governos dos três países têm realizado grandes esforços para incluir a região do Pantanal em seus respectivos programas nacionais de desenvolvimento econômico, o que é particularmente evidente no Brasil, que detêm cerca de 85% da área do Pantanal. No meio da década de 70, o governo Brasileiro deu início a uma série de grandes programas de desenvolvimento para o Pantanal, visando a intensificação da utilização dos recursos naturais da região e a integração desta no plano nacional de desenvolvimento do país, sobretudo através da construção de estradas e redes de transmissão de eletricidade. Desde então, nove hidroelétricas com capacidade total de 323MW foram construídas no Pantanal, o projeto para estabelecer a gaseoduto Bolívia-Brasil cruzando o Pantanal de Corumbá a Campo Grande segue progredindo; e existe uma enorme pressão para mudar o curso e canalizar o Rio Paraguai de maneira a facilitar o transporte fluvial de grãos e minérios para o Oceano Atlântico (hidrovia Paraguai-Paraná). O desenvolvimento indiscriminado e a utilização desordenada dos recursos naturais da região podem levar a uma degradação de grande escala e irreversível afetando seriamente as condições de vida das populações humanas e vida silvestre do Pantanal.

Outra grande ameaça para a integridade desse bioma é o fato que os métodos tradicionais de pecuária de baixa-intensidade estão sendo rapidamente substituídos por formas mais intensas de manejo de gado. Durante os dois séculos passados, a pecuária de baixa-intensidade tem sido uma das principais atividades econômicas do Pantanal. Devido ao fato de que este tipo de manejo de gado mantém a estrutura, a função, a biodiversidade e a beleza da paisagem, ele vem sendo considerado como um método bastante sustentável de utilização dos recursos naturais do Pantanal. Atualmente, a pecuária continua sendo a principal atividade econômica da região, com aproximadamente 95% do Pantanal sendo composto por propriedades privadas de tamanho médio de 10.000 hectares. Entretanto, a crescente pressão econômica tem levado os pecuaristas tradicionais a aumentarem o número de cabeças de gado por unidade de área na intenção de aumentar a eficiência da produção de carne e o retorno econômico das fazendas. Como resultado, o que se pode observar é a exaustão de pastagens e a conversão de pastagens naturais em artificiais através da introdução de gramíneas exóticas (500.000 hectares de áreas desmatadas durante os últimos 25 anos). Em 2000, a área total de vegetação original que já havia sido substituída por gramíneas exóticas era estimada em 12.200 km². Como consequência, essas atividades já devem ter afetado cerca de 40% dos habitats de floresta e cerrado do Pantanal Brasileiro.

De 1996 a 2007, o IPÊ desenvolveu um programa de pesquisa e conservação da Anta Brasileira na Mata Atlântica da Região do Pontal do Paranapanema, São Paulo. Este programa gerou um enorme banco de dados de informações sobre a espécie. 

Em 2008, a equipe considerou ter chegado o momento de usar essa experiência para expandir suas iniciativas de pesquisa e conservação da espécie para outros biomas brasileiros e foi estabelecida a Iniciativa Nacional para a Conservação da Anta Brasileira. A primeira “parada” foi o Pantanal, onde as ameaças e problemáticas de conservação para a espécie são bastante diversas e onde nunca havia sido realizado um estudo de longo-prazo sobre a Anta Brasileira. A meta primordial do Programa Anta Pantanal é obter dados de demografia, genética e saúde das antas, bem como informações de uso de habitat e do mosaico de fragmentos naturais característicos de muitas regiões do Pantanal, visando estabelecer um programa de pesquisa e conservação de longo-prazo e subsidiar a formulação de recomendações para a conservação da espécie na região. Depois do Pantanal, tomaremos os passos necessários para o estabelecimento de programas similares nos biomas Amazônia e Cerrado. 

A pesquisa sobre a Anta Brasileira vem evoluindo significativamente nos últimos anos e muita informação vem sendo produzida através da realização de projetos de pesquisa em diversos países de sua área de ocorrência. Entretanto, as informações obtidas em diferentes países e diferentes tipos de habitat demonstram que a anta apresenta requisitos ecológicos bastante diferentes em diferentes áreas. Através do estabelecimento de novas iniciativas de pesquisa sobre a anta em diferentes biomas brasileiros, o IPÊ espera criar uma perspectiva comparativa para a conservação da espécie, investigando sua ecologia em biomas diferentes da Mata Atlântica. Com isto, teremos um entendimento mais claro sobre estes animais em diferentes biomas, com diferentes matrizes de paisagem e sob diferentes níveis de distúrbio ambiental. Assim, seremos capazes de compreender melhor a ecologia destes animais e suas necessidades em termos de conservação, bem como avaliar a importância e magnitude dos fatores ecológicos afetando as diferentes populações existentes no país. Finalmente, teremos todas as ferramentas necessárias para promover o desenvolvimento e efetiva implementação de estratégias de conservação e manejo para populações específicas de Anta Brasileira por toda a sua área de distribuição.