Desde 2012, o IPÊ vem ampliando a sua área de pesquisa junto a parceiros empresariais, com o objetivo compreender os impactos de suas práticas nos ecossistemas. Desta forma, realizou entre 2012 e 2014, análises da cadeia de produção do Danoninho, produto da empresa francesa Danone, e também desenvolveu estudos sobre água e café no Cerrado para a fabricante Nespresso. A iniciativa entre o Instituto e as empresas observa a relação dos negócios das companhias com os serviços ecossistêmicos, ou seja, com os benefícios que o ser humano obtém de ecossistemas. O objetivo é compreender de que forma as alterações no meio ambiente (mudanças climáticas, desmatamento, escassez de água) impactam diretamente a produção e como a produção empresarial impacta os serviços ecossistêmicos e a biodiversidade. Assim, é possível detectar os desafios e agir mais objetivamente para a conservação dos recursos naturais e para a oferta de serviços ecossistêmicos, de quem as empresas são dependentes para manter suas atividades. Os levantamentos são realizados por meio de tecnologia inovadora de análise da biodiversidade, que integra sequenciadores de DNA e pode avaliar a qualidade dos ecossistemas de forma mais precisa.